第8回ABiS脳画像解析チュートリアル

ここは、2020年12月19-20日に開催予定である 『先端バイオイメージング支援プラットフォーム・FreeSurferチュートリアル』 の受講者を対象とした情報提供サイトです。新しい情報があれば、随時このサイトへ追加していきますので、定期的にアクセスするようにして下さい

新着情報

会場案内

チュートリアルのスケジュール(予定)

日程 内容
12月19日  
08:30 Zoomオープン
09:00-09:10 開会
09:10-10:10 第1部(1): FreeSurferの概要/recon-all (筑波大・根本)
10:20-11:20 第1部(2): Freeview/ROI解析 (根本)
11:30-12:30 – 昼 食 –
12:30-13:30 第2部(1): Freeviewを用いたFreeSuferのトラブルシューティング (岩手医大・山下)
13:40-15:40 第2部(2): 3D Slicerを用いたFreeSuferのQC (山下)
15:50-16:50 第2部(3): 3D Slicerを用いたFreeSuferのトラブルシューティング (山下)
16:50-17:00 質疑応答
12月20日  
08:30 Zoomオープン
09:00-10:00 第3部(1): グループ解析(根本)
10:10-11:10 第3部(2): 縦断解析 (根本)
11:20-12:20 第3部(3): 線形混合モデル (佐賀大・川口)
12:30-13:30 – 昼 食 –
13:30-14:30 第4部(1): DTIでの実装 (慶応大学・上田)
14:40-15:40 第4部(2): FreeSurferと他のソフトの連携 (根本)
15:50-16:00 質疑応答
16:00 閉会

Zoomの設定

予習

Lin4Neuro への Google chrome のインストール (所要時間5分)


パソコンの準備について

事前準備

A. チュートリアル用Lin4Neuro仮想アプライアンスのダウンロード (所要時間約2-3時間)

B. VirtualBox 6.1.16以降 のインストール (所要時間約10分)

チュートリアルでは、VirtualBox 6.1.16以降の上で Lin4Neuro を動作させます。最新版の Lin4Neuro は、VirtualBox 6.1.16で最適化されているため、前のバージョンのVirtualBoxを使用の方は必ず6.1.16にアップグレードしてください。特にmacOSは、6.1.16以前では仮想マシンが立ち上がらない不具合がありますのでご注意ください

C. Lin4Neuro仮想アプライアンスのインポート (所要時間約15分)

D. 仮想マシンの設定 (所要時間約5分)

1. 共有フォルダの設定

2. メモリとCPUの設定

E. Lin4Neuroの起動と設定 (所要時間約10分)

1. キーボード設定の確認

2. 画面のフォント設定

3. ドラッグ&ドロップの無効化 (Windowsのみ)

4. 共有フォルダの確認

5. 画像解析ツールの確認

6. FreeSurferの確認

FreeSurferのツールはアイコンが準備されていません。以下で確認します

F. FreeSurfer用スクリプトのアップデート (所要時間約3分)

G. チュートリアルテキストの入手 (所要時間約3分)

  1. 初めてセットアップする時: ターミナル (Lin4Neuro では、左下のスタートアイコンの隣にあるアイコンから起動できます) から以下を実行して下さい

     cd /media/sf_share
     メールで示されているコマンドをここにタイプします
     (セキュリティの都合でここには記しません)
    
  2. 更新する時: ターミナルから以下を実行してください

     cd /media/sf_share/abis-202012
     git pull
    

プロキシサーバーなどを使っている場合

H. データの入手 (所要時間約2時間)

I. 受講のためのスクリプトを実行 (所要時間約30分)

Lin4Neuroの終了

ログイン画面の修正

問い合わせ

トラブルシューティング


参考. 仮想マシンの削除 (チュートリアル後、不要になった場合)

  1. 仮想マシンを削除するには、VirtualBoxのメイン画面で、削除したい仮想マシンを選び、右クリックをして、除去(R)… を選択します

    仮想マシンの削除1

  2. 次にあらわれる画面で、すべてのファイルを削除 を選択します

    仮想マシンの削除2