第10回ABiS脳画像解析チュートリアル

ここは、2021年12月18-19日に開催予定である 『先端バイオイメージング支援プラットフォーム・ABiSチュートリアル』 の受講者を対象とした情報提供サイトです。新しい情報があれば、随時このサイトへ追加していきますので、定期的にアクセスするようにして下さい

新着情報

会場案内

チュートリアルのスケジュール(予定)

日程 内容
12月18日  
08:30 Zoomオープン
09:00-09:05 開会
09:05-11:30 第1部: 前処理(東京都健康長寿医療センター・下地)
09:05-10:10 第1部(1): 脳MRIをMNI空間へ変換
10:20-11:30 第1部(2): 訓練、検証、試験
11:30-12:30 – 昼 食 –
12:30-14:40 第2部: 脳画像解析のためのPython入門(筑波大学・根本)
12:30-13:30 第2部(1): Python入門(1)
13:45-14:45 第2部(2): Python入門(2): NumPyを中心に
15:00-17:45 第3部: 深層学習入門
15:00-16:15 第3部(1): 深層学習の概要
16:30-17:45 第3部(2): 手書き数字の分類
17:45-18:00 質疑応答
12月19日  
08:30 Zoomオープン
09:00-17:40 第4部: 深層学習による画像分類(下地)
09:00-10:10 第4部(1): 画像データと numpy配列
10:20-11:30 第4部(2): OASISデータセット
11:30-12:30 – 昼 食 –
12:30-13:40 第4部(3): 畳み込み層とプーリング層
13:50-15:00 第4部(4): 過学習と未学習
15:10-16:20 第4部(5): データの水増し、正則化、ドロップアウト
16:30-17:40 第4部(6): 早期終了のコールバック
17:40-18:00 質疑応答

予習

パソコンの準備について

事前準備

A. チュートリアル用Lin4Neuro仮想アプライアンスのダウンロード (所要時間約1-2時間)

B. VirtualBox 6.1.28以降 のインストール (所要時間約10分)

チュートリアルでは、VirtualBox 6.1.28以降の上で Lin4Neuro を動作させます。最新版の Lin4Neuro は、VirtualBox 6.1.28で最適化されているため、前のバージョンのVirtualBoxを使用の方は必ず6.1.28にアップグレードしてください。特にmacOSは、以前のバージョンでは仮想マシンが立ち上がらない不具合がありますのでご注意ください。なお、アップグレードする際は、一度、VirtualBoxを終了させないとエラーとなりますのでご注意ください。

C. Lin4Neuro仮想アプライアンスのインポート (所要時間約15分)

D. 仮想マシンの設定 (所要時間約5分)

1. 共有フォルダの設定

E. Lin4Neuroの起動と設定 (所要時間約10分)

1. 画面のフォント設定

2. 共有フォルダの確認

3. 画像解析ツールの確認

4. クリップボードの共有設定

F. チュートリアルテキストの入手 (所要時間約3分)

  1. 初めてセットアップする時: ターミナル (Lin4Neuro では、左下のスタートアイコンの隣にあるアイコンから起動できます) から以下を実行して下さい

     cd /media/sf_share
 メールで示されているコマンドをここにタイプします
 (セキュリティの都合でここには記しません)

  2. 更新する時: ターミナルから以下を実行してください

     cd /media/sf_share/abis-202112
 git pull

プロキシサーバーなどを使っている場合

G. 受講のためのスクリプトを実行 (所要時間約3分)

Windows 11 および Windows 10 21H2 で認められる現象

> from tensorflow.keras.utils import to_categorical
The TensorFlow library was compiled to use AVX instructions, but these aren't available on your machine.

もしくは以下のようなエラーが出ます

./abis_test.sh: 44 行:  2553 中止                  (コアダンプ) python3 ../abis_test.py 2> /dev/null

Lin4Neuroの終了

Zoomの設定

問い合わせ

トラブルシューティング

he virtual machine 'L4N-2004-abis' has terminated unexpectedly during startup with exit code 1 (0x1).

終了コード : NS_ERROR_FAILURE (0x80004005)
コンポーネント: MachineWrap
インターフェース: IMachine {85632c68-b5bb-4316-a900-5eb28d3413df}

Kernel driver not installed (rc=-1908)

Make sure the kernel module has been loaded successfully.

where: suplibOsInit what: 3 VERR_VM_DRIVER_NOT_INSTALLED (-1908) - The support driver is not installed. On linux, open returned ENOENT. 

- 【回答】これは、比較的有名な症状です。rc=-1908 問題と私は勝手に読んでいます。以下を実行してください。https://www.nemotos.net/?p=3707 も参考にしてください。
    - 一度、VirtualBoxをアンインストールしてください。
    - macOSを再起動してください。
    - VirtualBoxをインストールする際に、ダイアログがでる度に、システム環境設定 -> セキュリティを確認してください。
    - "Oracle" のキーワードを見ながら、都度許可を出してください。
    - これでインストールできる可能性が高いです。

    - なお、SIPを無効にする方法は最近はうまくいかないです…

参考. 仮想マシンの削除 (チュートリアル後、不要になった場合)

  1. 仮想マシンを削除するには、VirtualBoxのメイン画面で、削除したい仮想マシンを選び、右クリックをして、除去(R)… を選択します

    仮想マシンの削除1

  2. 次にあらわれる画面で、すべてのファイルを削除 を選択します

    仮想マシンの削除2

参考. Lin4Neuro への Google chrome のインストール (所要時間5分)