macOS native 環境での ABiS チュートリアルの準備方法

本セクションでは、Lin4Neuro を使わずに、macOS native 環境でのチュートリアルのセットアップ方法を記載します。Apple M1 でも対応可能です。ただし、この方法でのセットアップのサポートは限られることをご了承ください(個人個人で環境がかなり異なるためです)。このインストラクションを読んでわからないことが多い方は、ご自身でのセットアップは難しいとお考えいただき、Lin4Neuroでの受講としてください

前提条件

CPUは Intel でも Apple M1 でも問いません
ターミナルはデフォルトの zsh を使用することとします

インストールが必要なソフトウェア

git
Octave
DCMTK
python3
Jupyter Notebook (bashとoctaveカーネル含む)
Mango
MRIcroGL
tree
XQuartz
FSL
MRtrix3
ANTs
3D Slicer (SlicerDMRI含む)
Matlab
SPM
CONN

git

インストール

Command line tools for Xcode のインストールにより git を使うことが可能となります

xcode-select --install

確認

ターミナルから以下をタイプしていただき、バージョンが出力されれば大丈夫です

git --version

Octave

インストール

Homebrew 経由でインストールするのが簡単です。Homebrewのインストールは各自調べてください

brew install octave

確認

ターミナルから以下をタイプします

octave --version

GNU Octave, version 6.4.0 と表示されればOKです

DCMTK (Intel)

インストール

Intel macOS は、Octave と同様、Homebrewを使います

brew install dcmtk

確認

ターミナルから以下をタイプします

dcmdump --version

$dcmtk: dcmdump v3.6.6 2021-01-14 と表示されればOKです

DCMTK (Apple M1)

インストール

Apple M1ではHomebrewはまだ対応していないため、本家ウェブサイトからダウンロードします
DCMTKのウェブサイトから dcmtk-3.6.6-macosx-x86_64-static.tar.bz2 をダウンロードします(左のリンクをクリックすればそのままダウンロードされます)
以下で展開し、　dcmtkとフォルダ名を変更し、　/Applicationsにコピーします

cd ~/Downloads
tar xvf dcmtk-3.6.6-macosx-x86_64-static.tar.bz2
mv dcmtk-3.6.6-macosx-x86_64-static dcmtk
cp -r dcmtk /Applications

パスを通します

echo '' >> ~/.zprofile
echo '#DCMTK' >> ~/.zprofile
echo 'PATH=$PATH:/Applications/dcmtk/bin' >> ~/.zprofile

ターミナルを一度閉じ、再起動します

確認

ターミナルから以下をタイプします

dcmdump --version

“dcmdump”は、開発元を検証できないためひらけません。といったセキュリティ関連のダイアログが出ます
一度、キャンセルし、システム環境設定 -> セキュリティとプライバシー -> 一般と進み、dcmdump について、”dcmdump”は開発元を確認できないため、使用がブロックされました。のところで「このまま許可」をクリックします
再度、以下をタイプします。

dcmdump --version

もう一度確認のダイアログが出るので、そのまま「開く」をクリックします。
その結果、$dcmtk: dcmdump v3.6.6 2021-01-14 と表示されればOKです
以降はセキュリティのダイアログは出ません。

Python3

インストール

https://www.python.org/ から Python 3.10.1 をダウンロードしてインストールすることにより、Apple M1でも Python が利用可能となります。
https://www.python.org/ftp/python/3.10.1/python-3.10.1-macos11.pkg

確認

ターミナルを起動し、以下をタイプしてください。Python 3.10.1 になっていれば大丈夫です

python3 --version

Jupyter Notebook および bash と octave のカーネル

インストール

Pythonをインストールした後、以下を実行してください

pip3 install -U pip
pip3 install jupyter notebook
pip3 install bash_kernel
python3 -m bash_kernel.install
pip3 install octave_kernel

確認

ターミナルから以下をタイプしてください

jupyter-notebook

WebブラウザにJupyterという画面が出ればOKです。そのページを消した後、Jupyter Notebookを起動したターミナルで、control + c を押すとJupyter Notebookのサーバーをシャットダウンできますので y を押してシャットダウンしてください

Mango

インストール

Mango は以下のリンクからインストーラーを入手できます
http://ric.uthscsa.edu/mango/downloads/mango_mac.zip

確認

アプリケーションから Mango を起動し、License Agreementが出た後に Mango のメインメニューが出ればOKです

MRIcroGL

インストール

MRIcroGL は以下のリンクからインストーラーを入手できます
https://github.com/rordenlab/MRIcroGL/releases/download/v1.2.20211006/MRIcroGL_macOS_which2.dmg
インストール後、以下のコマンドを実行し、.zprofileに設定を書き込みます。bashの方は.bash_profileに置き換えてください

echo '' >> ~/.zprofile
echo '#MRIcroGL' >> ~/.zprofile
echo 'PATH=$PATH:/Applications/MRIcroGL.app/Contents/Resources' >> ~/.zprofile

確認

一度ターミナルを終了し、ターミナルを再度起動した後に、以下をタイプしてください

dcm2niix --version

この結果が、v1.0.20211006 と表示されれば大丈夫です

tree

treeはディレクトリの構成をターミナルから確認できる便利なコマンドです

インストール

Homebrewから簡単にインストールできます

brew install tree

確認

ターミナルから以下で確認できます

tree -L 1

ご自身のディレクトリ構成が表示されると思います

XQuartz

XQuartz は FSL の実行のために必要です

インストール

以下からインストーラーを入手し、実行します
https://github.com/XQuartz/XQuartz/releases/download/XQuartz-2.8.1/XQuartz-2.8.1.dmg

確認

FSLが実行されればXQuartzもきちんとインストールされるのでここでは確認しません

FSL

インストール

以下をターミナルから実行し、fslinstaller.pyを入手し、実行します

cd ~/Downloads
curl -O https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fslinstaller.py
cd ~/Downloads
python2 ./fslinstaller.py 

インストール完了後、FSLの設定は .profile に記載されるのですが、zshではうまく読み込まれないことがあるので、.zprofileにも記載します
ターミナルから以下を実行します

echo '' >> ~/.zprofile
echo '# FSL Setup' >> ~/.zprofile
echo 'FSLDIR=/usr/local/fsl' >> ~/.zprofile
echo 'PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}' >> ~/.zprofile
echo 'export FSLDIR PATH' >> ~/.zprofile
echo '. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh' >> ~/.zprofile

これが終わったら一度ターミナルを終了し、再びターミナルを起動します

確認

ターミナルから以下をタイプします
```
fsl
```

これでFSLが立ち上がればOKです

MRtrix3

インストール

ターミナルから以下を実行します

sudo bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/MRtrix3/macos-installer/master/install)"

確認

ターミナルから以下を実行します

mrview

MRViewが起動すれば大丈夫です

ANTs

インストール

ターミナルから以下を実行します

cd ~/Downloads
curl -O https://raw.githubusercontent.com/kytk/shell-scripts/master/ANTs_installer_macOS.sh
chmod 755 ANTs_installer_macOS.sh
./ANTs_installer_macOS.sh

確認

“ANTs is installed” “Please close and re-run the terminal to reflect PATH setting” と出たら、ターミナルを一度閉じて、再度ターミナルを開きます
ターミナルから以下を実行します

ANTS

“call ANTS or ANTS –help” と出れば大丈夫です

3D Slicer

注意 SlicerはApple M1で完全には動作確認がとれていません。もしかしたら使えない可能性もあります

インストール

以下のリンクからインストーラーをダウンロードし、実行します
https://download.slicer.org/bitstream/60add6fdae4540bf6a89bf73
インストール後、3D Slicerを起動します
起動後、”Welcome to Slicer” -> “Diffusion” -> “Install Slicer Diffusion Tools” を選択します
画面左側の”Install SlicerDMRI” をクリックします。私のApple M1では、この画面がちらつきましたが、とりあえずクリックすることで作動しました
そうすると、2つの画面が重なって出ます。まず、’UKFTractography” の画面で Yes をクリックし、その後に “Restart to complete SlicerDMRI installation?” でOKを押します

確認

Slicer が起動した後、”Welcome to Slicer” -> “Diffusion” を選択した後、”Import and Export” といったメニューが出れば大丈夫です

Matlab

Matlabは各自購入してください。Baseだけで大丈夫です。必要なバージョンは以下のリンクが参考になります
https://jp.mathworks.com/support/requirements/previous-releases.html

SPM

インストール

GitHub経由が便利です
ホームディレクトリの下に git というディレクトリを作成し、その下に spm12 をインストールすることとします

cd ~
mkdir git #なければ作成
git clone https://github.com/spm/spm12.git

さらにターミナルから以下を実行します

sudo xattr -r -d com.apple.quarantine ~/git/spm12
sudo find ~/git/spm12 -name '*.mexmaci64' -exec spctl --add {} \;

この後、Matlabのパス設定で、~/git/spm12 を指定してください

確認

Matlab から

spm

とタイプし、SPMが起動すればOKです

CONN

インストール

CONNは 20.b を使用します
インストール方法は以下のリンクを参照してください
https://www.nemotos.net/?p=3873

確認

Matlabから

conn

とタイプし、CONNが起動すればOKです