ABiS脳画像解析チュートリアル22.12

ここは、2022年12月11日、および17-18日に開催予定である 『先端バイオイメージング支援プラットフォーム・ABiSチュートリアル』 の受講者を対象とした情報提供サイトです。新しい情報があれば、随時このサイトへ追加していきますので、定期的にアクセスするようにして下さい

チュートリアルのスケジュール (予定)

日程	内容
12月11日(日)	脳画像解析入門（脳画像解析初心者は受講をお勧めします)
08:30	Zoomオープン
09:00-09:20	開会、オリエンテーション
09:20-10:10	第1部(1) 画像ビューワー (筑波大・根本)
10:20-11:10	第1部(2) DICOM画像の理解 (根本)
11:20-12:10	第1部(3) DICOM画像のNIfTI画像への変換 (根本)
12:10-13:00	昼休み
13:00-14:00	第1部(4) 一般線形モデル (根本)
14:10-15:10	第1部(5) 脳画像統計 (佐賀大・川口)
15:20-16:10	第1部(6) シェルスクリプト (根本)
16:25-17:45	第1部(7) BIDS (根本)
17:45-18:00	質疑応答

12月17日(土)	FreeSurferチュートリアル
08:30	Zoomオープン
09:00-09:20	開会、オリエンテーション
09:20-10:10	第2部(1) FreeSurferの概要 / recon-all (筑波大・根本)
10:20-11:10	第2部(2) Freeview / ROI解析 (根本)
11:20-12:20	第2部(3) グループ解析 (根本)
12:20-13:10	昼休み
13:10-14:10	第2部(4) Slicerを用いたQC (岩手医大・山下)
14:20-15:20	第2部(5) Slicerを用いたトラブルシューティング (山下)
15:30-16:30	第2部(6) Freeviewを用いたトラブルシューティング (山下)
16:40-17:40	第2部(7) 他のソフトとの連携 (根本)
17:40-18:00	質疑応答

12月18日(日)	拡散MRIチュートリアル
08:30	Zoomオープン
09:00-09:10	開会、オリエンテーション
09:10-10:10	第3部(1) DWIの前処理 (慶応大学病院・上田)
10:20-11:20	第3部(2) TBSS (Non-FA Analysisも含む) (上田)
11:30-12:30	第3部(3) 脳器質的疾患のTBSS (上田)
12:30-13:20	昼休み
13:20-17:00	第4部: TBSS解析後の結果表示と追加解析
13:30-14:30	第4部(1) FSLeyesのアトラスツール (順天堂大・下地)
14:40-15:40	第4部(2) bashの活用 (下地)
15:50-16:20	第4部(3) all_FA_skeletonisedの活用 (下地)
16:30-17:00	第4部(4) 関心領域の作成 (下地)

受講のための準備

チュートリアルはご自身の環境で受講していただきます。そのために事前準備が必須となっております。講師と同じ環境で解析をするため、仮想化ソフト VirtualBox を使用し、そのうえで、脳画像解析に特化したLinux, Lin4Neuro を使いながらチュートリアルは進めていきます。(なお、Apple M1/M2 CPUをお使いの方は VirtualBox が正式に対応していないので、個別にソフトウェアをセットアップしていただくことになります。) 事前準備を済ませたうえで、受講のためのスクリプトを実行し、それが正しい結果を出した方にZoomおよびSlackのアドレスをお示しします。早めにご準備のほどよろしくお願いします。なお、今回お配りするLin4Neuroは2022年12月および2023年1月用に最適化されています。2022年1月以前のLin4Neuroにはソフトが入っていないものがいくつもありますので、改めてセットアップをお願いします
流れは以下になります
- 解析環境のセットアップ
- チュートリアルのテキスト・データ配布リポジトリのセットアップ
- チュートリアルのデータ入手
- 受講のためのスクリプト実行
- 本登録

パソコンのスペック

チュートリアルでは、受講者にご自身でPCを準備して頂き、実際に操作しながらコマンドラインについて学んでいきます。PCのスペックについては、以下の 推奨条件 を参考にして下さい
- OS: Windows 10/11 64bit版または macOS 11.x (Big Sur) - 12.x (Monterey)
- CPU: Intel Core i7/i9、Intel Core i5（クロック周波数2.0GHz以上）、または AMD Ryzen 5以上の性能を有するもの
  - 注意: 現在、Apple M1/M2はVirtualBoxでLin4Neuroを動作できないため、チュートリアルで使用するソフトは個別にインストールしていただく必要があります。完全なサポートができないことをご承知おきください
- メモリ：8GB以上 (可能ならば16GB以上を推奨します)
- ハードディスク：250GB以上の空き容量 (外付けハードディスクも可)
- 2ボタン以上のUSBマウス (必須ではありませんが、持っていると便利です)
- 2画面のディスプレイ (自身の作業用とZoomの画面をうつすために2画面を推奨します。2画面が準備できない方は、Zoomの画面をうつすためだけのPCやタブレットを準備してください)

解析環境のセットアップ

チュートリアル用Lin4Neuroのセットアップ (所要時間約2-3時間)

チュートリアル用Lin4Neuroのセットアップはこちらのインストラクションに従って準備を進めてください。

macOS ネイティブ環境でのソフトウェアセットアップ (所要時間約3-4時間)

Apple M1/M2 の方は、各自でソフトウェアをインストールしていただく必要があります。また、Intel Mac をお使いの方で、ネイティブ環境で構築したい場合もあるかと思います。その場合はこちらのインストラクションに従って準備を進めてください。

チュートリアル用テキスト・データ配布リポジトリのセットアップ (所要時間約3分)

チュートリアルで使用するテキストは、GitLabというデータ共有サービスを通して配布します。ここで配布されるものは、チュートリアルの1週間前まで更新される可能性がありますので、こまめに（特に参加直前に）アップデートするようにして下さい
macOS ネイティブ環境で参加される方は、以下のコマンドにより、ホームディレクトリの下に abis フォルダを作成します。このようにすることで、iCloud の管理外になりますので、iCloudが問題になることを防ぐことができます
```
 mkdir ~/abis
```

初めてセットアップする時: ターミナルから以下を実行してください。なお、ターミナルは、Lin4Neuro では左下のスタートアイコンの隣にあるアイコンから起動できます。macOSの方はユーティリティからターミナルを実行してくだい
```
 cd ~/abis
 受講者仮決定メールに記されているコマンドをここにタイプします
 (セキュリティの都合でここには記しません)
```
更新する時: ターミナルから以下を実行してください
```
 cd ~/abis/abis-202212
 git pull
```

こうすると、~/abis/abis-202212 の下に beginner, dti, dti2, freesurfer, textbook のフォルダが生成されます

データの入手 (所要時間約1時間)

チュートリアルに使うデータは大きいため、GitLabではなく、別にダウンロードしていただきます
上記のテキストの入手を行った後、ターミナルから以下をタイプしてください
```
  cd ~/abis/abis-202212
  ./get_data.sh
```
データが10GB程度ありますので、約1時間程度見込んでください。環境によってはさらに時間がかかってしまうことがあるため、電源を必ずつなぎ、パソコンがスリープしないようにしてください
こうすると、abis-202212 の beginner, dti, dti2, freesurfer の中にそれぞれデータが準備されます

受講のためのスクリプト実行 (所要時間約45分)

環境がすべて整っているかを確認するために、確認スクリプトを実行していただきます
ターミナルから以下をタイプしてください
```
  cd ~/abis/abis-202212
  ./abis_test.sh
```

そうすると以下が表示されます

  FreeSurfer, FSL, MRtrix3 の動作確認を行います
  はじめて実行する場合は、45分程度かかります
  最後に出力される数値を報告してください
  yesまたはnoを入力してください

yes をタイプすると、FreeSurferのコマンド及び MRtrix と FSL のトラクトグラフィー作成のための準備コマンドが走りはじめます

コマンドの実行が完了すると、ターミナルに以下が表示されます。

  ------------------------------------------------
  以下の数値を報告してください
  XXX
  ------------------------------------------------

さらに、続いて以下が表示されます

　数値報告用のフォームを開いてよろしいですか? 
　yesまたはnoを入力してください

yes をタイプすると、webブラウザーが立ち上がり、数値入力用の Googleフォームが開きます。なお、下図のように「キーリングのロック解除」画面が出たら、パスワードに lin4neuro と入力してください
Googleフォームに必要項目をご入力ください
入力した数値が正しい場合には、その次の画面に受講者専用のSlackのリンクが表示されます。こちらからSlackに登録してください

もし、解析が途中で失敗した場合は、以下が表示されます

  なんらかの問題が起こっているようです
  問い合わせフォームからお問い合わせください

問い合わせフォームが立ち上がりますので、そこからトラブルシューティングを依頼してください

問い合わせ

準備がうまくいかない時のために、問い合わせフォームを準備しています。こちらからご質問ください。数日以内に担当者から返信させていただきます
問い合わせフォーム

ABiS脳画像解析チュートリアル22.12

2022年12月開催のABiS脳画像解析チュートリアルの受講者用ページです

ABiS脳画像解析チュートリアル22.12

目次

新着情報

チュートリアルのスケジュール (予定)

受講のための準備

パソコンのスペック

解析環境のセットアップ

チュートリアル用Lin4Neuroのセットアップ (所要時間約2-3時間)

macOS ネイティブ環境でのソフトウェアセットアップ (所要時間約3-4時間)

チュートリアル用テキスト・データ配布リポジトリのセットアップ (所要時間約3分)

データの入手 (所要時間約1時間)

受講のためのスクリプト実行 (所要時間約45分)

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