macOS native 環境での ABiS チュートリアルの準備方法

目次

• はじめに
• 前提条件
• インストールが必要なソフトウェア
• ソフトウェア毎のインストールおよび確認方法
• 問い合わせ

はじめに

• チュートリアルの準備には、約1-2時間必要となります。時間に十分に余裕をもって準備をされてください。特に、macOS native環境では、想定通りにうまくいかないことも十分考えられます。このため、早めの準備をお願いします。なお、準備が終わった方にのみ当日のSlackのリンクが表示されますので、必ず準備を行ってください。準備なしの参加はできません

• 本セクションでは、Lin4Neuro を使わずに、macOS native 環境でのチュートリアルのセットアップ方法を記載します。Apple M1/M2 でも対応可能です。ただし、この方法でのセットアップのサポートは限られることをご了承ください(個人個人で環境がかなり異なるためです)。このインストラクションを読んでわからないことが多い方は、ご自身でのセットアップは難しいとお考えいただき、Lin4Neuroでの受講としてください

• チュートリアルに十分な環境で参加していただくために、下記を参照のうえ、受講環境を整えてください。その後、https://kytk.github.io/abis-web-202301/ に戻っていただき、「チュートリアルテキストの入手」に進んでください

• データを入手し、受講のためのスクリプトを実行し、その値が正しい場合に限り、当日のSlackのアドレスをお伝えします。2023年01月21日までに必ずテスト解析まで終わらせてください。テストスクリプトを実行できた方が受講できます。セットアップがうまくいかない方はサポートしますので、早めにご連絡ください。サポート窓口は、このページの一番下にあります。

前提条件

• CPUは Intel でも Apple M1/M2 でも問いません

インストールが必要なソフトウェア

• git
• Matlab
• SPM
• CONN

ソフトウェア毎のインストールおよび確認方法

1. git (バージョン指定なし)

1.1. インストール

• Command line tools for Xcode のインストールにより git を使うことが可能となります

    xcode-select --install
  

1.2. 確認

• ターミナルから以下をタイプしていただき、バージョンが出力されれば大丈夫です

    git --version
  

2. SPM12 と CONN21.a : Matlab をお持ちの場合

• SPM と CONN はMatlabを持っているか持っていないかでインストールの方法が変わります。Matlab をお持ちでない方は、次の 16. SPM と CONN: Matlab をお持ちでない場合 に従ってセットアップをしてください

• Apple M1/M2 は、Matlab R2020b 以降でないと動作しませんのでご注意ください

2.1. SPM12のインストール

• GitHub経由が便利です

• ホームディレクトリの下に spm12 をインストールすることとします

    cd #ホームディレクトリに移動します
    git clone https://github.com/spm/spm12.git
  

• SPMはmacOSのセキュリティで実行できないことがあるため、この問題を回避するために、ターミナルから以下を実行します

    sudo xattr -r -d com.apple.quarantine ~/spm12
    sudo find ~/spm12 -name '*.mexmaci64' -exec spctl --add {} \;
  

• この後、Matlabのパス設定で、/Users/ご自分のユーザ名/spm12 を指定してください

2.2. SPM12の確認

• Matlab から

    spm
  

とタイプし、SPMが起動すればOKです

2.3. CONN 21.a のインストール

• 異なるバージョンを使うことができるように、ホームディレクトリの下に conn を作成し、その下に、conn21a をインストールすることにします

• ターミナルで以下をタイプします

    cd ~/Downloads
    curl -O https://www.nitrc.org/frs/download.php/12426/conn21a.zip
    mkdir conn21a
    unzip conn21a.zip -d conn21a
    cd conn21a
    mv conn conn21a
    [ ! -d ~/conn ] && mkdir ~/conn
    cp -r conn21a ~/conn
  

• その後、Matlab のパス設定で、/Users/ご自分のユーザ名/conn/conn21a を指定してください

2.4. CONN 21.a の確認

• Matlabから

    conn
  

とタイプし、CONNが起動すればOKです

3. SPM12 と CONN21.a : Matlab をお持ちでない場合

• チュートリアル用に SPM12 と CONN21.a を Matlab がなくても動作するようにスタンドアロン版を作成しました。以下に従ってセットアップを行ってください

3.1. Matlab Runtime R2020b の入手

• ターミナルに以下を入力し、Matlab Runtime R2020b を入手します。Intel Mac, Apple M1 ともに共通です。

    cd ~/Downloads
    curl -O https://ssd.mathworks.com/supportfiles/downloads/R2020b/Release/8/deployment_files/installer/complete/maci64/MATLAB_Runtime_R2020b_Update_8_maci64.dmg.zip
    unzip MATLAB_Runtime_R2020b_Update_8_maci64.dmg.zip
  

• ダウンロードフォルダにある MATLAB_Runtime_R2020b_Update_8_maci64.dmg をダブルクリックします

• InstallForMacOSX をダブルクリックします。インストール先はデフォルトのまま変更しないでください

3.2. SPM12 standalone のインストール

• 以下で SPM12 standalone を入手し、/opt の下にインストールします。

    cd ~/Downloads
    curl -O https://www.nemotos.net/l4n-abis/macOS/spm12_standalone_maci64_v99.zip
    sudo unzip spm12_standalone_maci64_v99.zip -d /opt/
    echo "" >> ~/.bash_profile
    echo "# Alias for SPM12" >> ~/.bash_profile
    echo "alias spm='/opt/spm12_standalone/run_spm12.sh /Applications/MATLAB/MATLAB_Runtime/v99'" >> ~/.bash_profile
  

• 一度ターミナルを閉じます。

3.3. SPM12 standalone の確認

• ターミナルを起動した後、spm と入力すればSPMが起動します。ただ、初回は起動するまでに数分時間がかかるため、焦らずにお待ちください

    spm
  

3.4. CONN 21.a standalone のインストール

• CONN は以下の方法でインストールできます

    cd ~/Downloads
    curl -O https://www.nemotos.net/l4n-abis/macOS/conn21a_standalone_maci64_v99.zip
    unzip conn21a_standalone_maci64_v99.zip -d /Applications/
    echo "" >> ~/.bash_profile
    echo "# Alias for CONN 21.a" >> ~/.bash_profile
    echo "alias conn='/Applications/conn21a_standalone/run_conn.sh /Applications/MATLAB/MATLAB_Runtime/v99'" >> ~/.bash_profile
  

• ターミナルを一度終了します

3.5. CONN 21.a standalone の確認

• GUIとコマンドラインのどちらからも起動できます

• GUI の場合は、アプリケーションの中にある conn21a_standalone の中の conn をダブルクリックしてください

• ターミナルの場合は、ターミナルから conn とタイプすれば起動します

    conn
  

問い合わせ

• 準備がうまくいかない時のために、問い合わせフォームを準備しています。こちらから ご質問ください。数日以内に担当者から返信させていただきます

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