FreeSurfer勉強会

第1部(1) recon-all -autorecon1

サンプルデータの表示

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cd $SUBJECTS_DIR
freeview -v sample-001.mgz \
 sample-002.mgz -layout 2 \
 -viewport sagittal 
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• cd: シェルのコマンドで、"change directory" の略です。

• $SUBJECTS_DIR: FreeSurferが画像を保存するディレクトリを示す変数です。この中にsample-001.mgz が入っているので、ここにまず移動します。

• freeview: FreeSurferの画像ビューワーを立ち上げるコマンドです

• -v: volumeデータを表示するときに使います

• \ は、1行のコマンドを改行して入力したい時に使う記号です。

• -layout 2: Freeviewのレイアウトを決めます。レイアウト2というのは、2x2の表示です。レイアウト1は、ひとつの画面のみ、レイアウト3はひとつの大きな画面の下に3つの小さな画面、レイアウト4はひとつの大きな画面の右に3つの小さな画面です。これは、Freeviewのメニューにある順番となっています。

レイアウト画面

• -viewport sagittal: 左上の画面に何を表示するかを決めます。今は矢状断が表示されます。オプションとして、sagittal, coronal, axial, 3d があります。

sample-001.mgz のヘッダーを表示

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mri_info sample-001.mgz
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• mri_info: FreeSurferに入っている、画像のヘッダー情報を表示するコマンドです

勉強会のディレクトリの変数設定

• Lin4Neuro

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  nisg=/media/sf_share/nisg-202001
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• MacOS

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  nisg=~/git/nisg-202001
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SUBJECTS_DIRの設定

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SUBJECTS_DIR=$nisg/subjects
cd $SUBJECTS_DIR/ernie
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• $SUBJECTS_DIR は、自分で変更できます。これを使うことで、任意の場所にFreeSurferの結果を保存できます。

{rawavg,orig}.mgz のヘッダーを確認

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cd mri
mri_info rawavg.mgz
mri_info orig.mgz
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• タイトルの{rawavg,orig}.mgz とは、rawavg.mgz と orig.mgz をまとめて表示する方法です。こんな方法もあるんだなと知っていただければ。

talairach.xfm の確認

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cd transforms
cat talairach.xfm
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• cat シェルのコマンドで、テキストを表示します。2つ以上のファイルがある場合、テキストを連結して表示します。

Freeviewで標準化の結果確認

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cd $SUBJECTS_DIR
freeview -v fsaverage/mri/mni305.cor.mgz \
 ernie/mri/orig_nu.mgz:reg=ernie/mri/transforms/talairach.xfm
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• :reg は、変換パラメーターを適用したい時に使用します。

信号値の確認

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cd $SUBJECTS_DIR/ernie/mri
freeview -v orig.mgz nu.mgz T1.mgz
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頭蓋骨除去の確認

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freeview -v T1.mgz brainmask.mgz
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