FreeSurfer勉強会

第1部(2) recon-all -autorecon2

SUBJECTS_DIRの設定

• Lin4Neuro

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  nisg=/media/sf_share/nisg-202001
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• MacOS

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  nisg=~/git/nisg-202001
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SUBJECTS_DIR=$nisg/subjects
cd $SUBJECTS_DIR/ernie
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• $SUBJECTS_DIR は、自分で変更できます。これを使うことで、任意の場所にFreeSurferの結果を保存できます。

talairach.lta の確認

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cd mri
cat transforms/talairach.lta
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皮質下領域の確認

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freeview -v T1.mgz \
 aseg.presurf.mgz:colormap=lut
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• :colormap でカラーマップを指定できます。
• lut は、FreeSurfer専用のカラーマップです。

信号値補正の確認

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freeview -v brainmask.mgz brain.mgz
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wm.mgzの確認

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freeview -v brain.mgz \
 wm.mgz:opacity=0.8:colormap=heat
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• :opacity は不透明度を設定します。0-1の間の値をとります。
• :colormap=heat で、heatカラーマップを指定します。

filled.mgzの確認

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freeview -v wm.mgz filled.mgz
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white surface 画像の確認

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cd .. # $SUBJECTS_DIR/ernie に移動
freeview -f surf/lh.orig.nofix \
 -layout 3 -viewport 3d
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平滑化された white surface 画像の確認

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freeview -f surf/lh.smoothwm.nofix \
 -layout 3 -viewport 3d
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どれだけ inflate されるか確認

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freeview -f surf/lh.smoothwm.nofix \
 surf/lh.inflated.nofix \
 -layout 1 -viewport 3d
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頂点数などの確認

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mris_euler_number surf/lh.orig.nofix
mris_euler_number surf/lh.orig
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• mris_euler_number は、FreeSurferに準備されているコマンドで、脳表に敷き詰めた三角形の頂点の数、辺の数、三角形の数などを確認することができます。

平滑化の効果確認

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freeview -v mri/brain.mgz -f \
 surf/lh.orig.nofix:edgecolor=yellow \
 surf/lh.smoothwm:edgecolor=blue \
 -layout 1 -viewport axial -zoom 3
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• -v でVolume画像を、-f でSurface画像を表示します。
• :edgecolor で、Surface画像の境界線の色を指定できます。
• -zoom 3 で、3倍に拡大して表示します。

lh.inflated と lh.sulc の確認

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freeview -f surf/lh.inflated \
 surf/lh.inflated:overlay=lh.sulc \
 -layout 1 -viewport 3d
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• lh.sulc は正確には画像ファイルではなく、信号値の情報をもっているだけのファイルです。このため、これを直接表示しようとするとエラーになり、inflated画像に overlay する形で表示します。

lh.white.H の確認

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freeview -v mri/brain.mgz \
 -f surf/lh.smoothwm:overlay=lh.white.H \
 -layout 2 -viewport sagittal
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lh.curv.stats の確認

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less stats/lh.curv.stats
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• less は、ファイルを表示するコマンドです。終了を表示するには、"q" をタイプします。