FreeSurfer勉強会

第1部(3) recon-all -autorecon3

SUBJECTS_DIRの設定

• Lin4Neuro

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  nisg=/media/sf_share/nisg-202001
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• MacOS

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  nisg=~/git/nisg-202001
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SUBJECTS_DIR=$nisg/subjects
cd $SUBJECTS_DIR/ernie
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• $SUBJECTS_DIR は、自分で変更できます。これを使うことで、任意の場所にFreeSurferの結果を保存できます。

lh.sphereの確認

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cd $SUBJECTS_DIR/ernie/surf
freeview -f lh.sphere \
-layout 1 -viewport 3d
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lh.sphere.regの確認

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freeview -f \
lh.sphere.reg:vertex=1 \
-layout 1 -viewport 3d -zoom 10
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• -zoom 10で10倍に拡大します。

頂点数が変わっていないことの確認

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mris_euler_number lh.smoothwm
mris_euler_number lh.inflated
mris_euler_number lh.sphere
mris_euler_number lh.sphere.reg 
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Jacobian determinantの確認

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cd .. # $SUBJECTS_DIR/ernie に移動
freeview -v mri/brain.mgz -f \
surf/lh.smoothwm:overlay=lh.jacobian_white \
-layout 2 -viewport coronal
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平均的な folding pattern を個人の white surface に表示

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cd surf 
freeview -f lh.smoothwm:overlay=lh.avg_curv \
-layout 1 -viewport 3d
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DK アトラスの確認

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freeview -f lh.smoothwm:annot=aparc.annot
freeview -f lh.inflated:annot=aparc.annot
freeview -f lh.sphere:annot=aparc.annot
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pial surface の確認

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freeview -f lh.pial
freeview -f \
 lh.pial:overlay=lh.thickness
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• 皮質厚などの情報は、overlayで表示します。

thickness の確認

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freeview -f \
 lh.pial:overlay=lh.thickness:overlay_threshold=0.5,4.5
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cortical ribbon の確認

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cd ../mri
freeview -v lh.ribbon.mgz \
 rh.ribbon.mgz \
 ribbon.mgz:colormap=lut \
 -layout 2 -viewport sagittal
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Destrieux アトラスの確認

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cd ../surf
freeview -f \
 lh.pial:annot=aparc.a2009s.annot \
 -layout 1 -viewport 3d
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• :annot でアトラスを表示します。:annotに限っては、lh, rhをつける必要はありません。その前のlh.pialから自動的にlhと判定します。

DKT アトラスの確認

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freeview -f \
 lh.pial:annot=aparc.DKTatlas.annot
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皮質+aseg.mgzの確認

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cd ../mri
freeview -v \
 aparc.DKTatlas+aseg.mgz:colormap=lut \
 aparc.a2009s+aseg.mgz:colormap=lut \
 aparc+aseg.mgz:colormap=lut \
 -layout 2 -viewport sagittal
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aseg.mgz の確認

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freeview -v aseg.mgz:colormap=lut
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wmparc.mgz の確認

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freeview -v wmparc.mgz:colormap=lut
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ラベルの表示法 (1)

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cd ..
freeview -v mri/brain.mgz -l \
 label/lh.BA1_exvivo.label 
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ラベルの表示法 (2)

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freeview -f \
 surf/lh.pial:curvature_method=off:label=label/lh.BA1_exvivo.label \
 -layout 1 -viewport 3d
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