FreeSurfer勉強会

第1部(4) recon-allの実際 / freeview

SUBJECTS_DIRの設定

• Lin4Neuro

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  nisg=/media/sf_share/nisg-202001
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• MacOS

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  nisg=~/git/nisg-202001
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SUBJECTS_DIR=$nisg/subjects
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• $SUBJECTS_DIR は、自分で変更できます。これを使うことで、任意の場所にFreeSurferの結果を保存できます。

recon-all 関連スクリプト

• Lin4Neuro

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  gedit ~/git/fs-scripts/fs_autorecon.sh
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• macOS

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  open ~/git/fs-scripts/fs_autorecon.sh
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• open は macOS において、いろいろなファイルをあけることができるコマンドです。Linuxでは、xdg-open がそれに該当するのですが、open の方が mac でも Linux でも同じように扱うことができるので、Lin4Neuro では、xdg-open のエイリアスを open として設定しています。

recon-all のログの確認

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cd $SUBJECTS_DIR/ernie/scripts
less recon-all-status.log
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• less コマンドは q で終了します。

matlabランタイムインストール

• 勉強会の場では実行しないでください。時間がかかります。

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cd ~/git/fs-scripts
./fs_download_matlabruntime.sh
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freeview の理解

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cd $SUBJECTS_DIR/ernie/mri
freeview -v T1.mgz wm.mgz brainmask.mgz \
 aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
 -layout 2 -viewport sagittal
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Surface画像の表示

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cd $SUBJECTS_DIR/ernie/surf
freeview -f \
 lh.pial:annot=aparc.annot:name=lh.pial_aparc:visible=0 \
 lh.inflated:overlay=lh.thickness:overlay_threshold=0.1,3:name=lh.inflated_thickness:visible=0 \
 lh.inflated:visible=0 \
 lh.white:edgecolor=blue:visible=0 \
 lh.pial:edgecolor=red \
 -viewport 3d
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海馬のsubfield解析: 高解像度

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cd $SUBJECTS_DIR/ernie/mri
freeview -v nu.mgz \
 lh.hippoSfLabels-T1.v10.mgz:colormap=lut \
 rh.hippoSfLabels-T1.v10.mgz:colormap=lut \
 -layout 1 -viewport coronal -zoom 5
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海馬のsubfield解析: 低解像度

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freeview -v brainmask.mgz \
 lh.hippoSfLabels-T1.v10.FSvoxelSpace.mgz:colormap=lut \
 rh.hippoSfLabels-T1.v10.FSvoxelSpace.mgz:colormap=lut \
 -layout 1 -viewport coronal -zoom 5
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脳幹の構造解析:高解像度

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freeview -v nu.mgz \
 brainstemSsLabels.v10.mgz:colormap=lut \
 -layout 2 -viewport sagittal -zoom 3
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脳幹の構造解析:低解像度

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freeview -v brain.mgz \
 brainstemSsLabels.v10.FSvoxelSpacei.mgz:colormap=lut \
 -zoom 3
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