FreeSurfer勉強会

第2部(1) ROI解析

SUBJECTS_DIRの設定

• Lin4Neuro

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  nisg=/media/sf_share/nisg-202001
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• MacOS

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  nisg=~/git/nisg-202001
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SUBJECTS_DIR=$nisg/subjects
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• $SUBJECTS_DIR は、自分で変更できます。これを使うことで、任意の場所にFreeSurferの結果を保存できます。

asegstats2table

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cd $SUBJECTS_DIR
asegstats2table \
 --subjects OAS2_0013 OAS2_0048 \
 --delimiter=comma \
 --tablefile aseg.vol.csv
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• subject は OAS2_0013 と OAS2_0048, カンマ区切りで 出力ファイル名を aseg.vol.csv としています。

aseg.vol.csv

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asegstats2table \
 --subjects OAS2_0013 OAS2_0048 \
 --delimiter=comma \
 --transpose \
 --tablefile aseg.vol.trans.csv
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• --transpose で結果の行列を転置します。

fs_stats_aseg.sh

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fs_stats_aseg.sh OAS2_*MR[12]
open tables
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• OAS2_*MR[12] は、OAS2_ ではじまって、途中、任意の文字列が続き、最後にMR1かMR2で終わるということを意味します。
• open tables で、tablesディレクトリをGUIで開くという意味になります。

fs_stats_aseg_trans.sh

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fs_stats_aseg_trans.sh OAS2_*MR[12]
open tables
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aparcstats2table

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aparcstats2table --hemi lh \
 --subjects OAS2_0013 OAS2_0048 \
 --delimiter=comma \
 --table lh.aparc.area.csv
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• --hemi lh で左半球を意味します。

aparcstats2table: thicknessの計算

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aparcstats2table --hemi lh \
 --subjects OAS2_0013 OAS2_0048 \
 --delimiter=comma \
 --meas thickness \
 --table lh.aparc.thickness.csv
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fs_stats_aparc.sh

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fs_stats_aparc.sh OAS2_*MR[12]
open tables
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fs_stats_aparc_trans.sh

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fs_stats_aparc_trans.sh OAS2_*MR[12]
open tables
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海馬subfield容積の確認

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cd $SUBJECTS_DIR/ernie/mri
cat lh.hippoSfVolumes-T1.v10.txt
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quantifyHippocampalSubfields.sh

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quantifyHippocampalSubfields.sh T1 hipposf.txt
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fs_stats_hipposf.sh

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cd $SUBJECTS_DIR
fs_stats_hipposf.sh OAS2_*MR1
open tables
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fs_stats_hipposf_trans.sh

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fs_stats_hipposf_trans.sh OAS2_*MR1
open tables
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脳幹構造の容積の確認

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cd $SUBJECTS_DIR/ernie/mri
cat brainstemSsVolumes.v10.txt
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quantifyBrainstemStructures.sh

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quantifyBrainstemStructures.sh brainstem.txt
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