FreeSurfer勉強会

第2部(2) 縦断解析

SUBJECTS_DIRの設定

• Lin4Neuro

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  nisg=/media/sf_share/nisg-202001
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• MacOS

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  nisg=~/git/nisg-202001
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SUBJECTS_DIR=$nisg/subjects
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• $SUBJECTS_DIR は、自分で変更できます。これを使うことで、任意の場所にFreeSurferの結果を保存できます。

勉強会に使ったデータの確認

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cd $nisg/nifti
ls
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fs_qc_base.sh

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cd $SUBJECTS_DIR
fs_qc_base.sh OAS2_0013
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for文のワンライナー

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for n in 1 2 3; do echo "MR_$n"; done
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fs_qc_long.shをfor文のワンライナーにいれこむ

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for f in OAS2_????; do fs_qc_long.sh $f; done
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OASISデータセットに付属しているExcelファイルの確認

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cd qdec
open oasis_longitudinal.xls
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縦断解析のために作成したデータ

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column -t long.qdec.table.dat
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• column は、Linux/macOSにあるコマンドで、入力を複数列に整形します。-t で入力行の列数を自動で判定し、表を作成します。

fs_thick-spc.sh

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fs_thick-spc.sh OAS2_0013
fs_thick-spc.sh OAS2_0157
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long_stats_slopes の例

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long_stats_slopes \
 --qdec=qdec/long.qdec.table.dat \
 --stats=lh.aparc.stats \
 --meas=thickness \
 --sd=$SUBJECTS_DIR \
 --do-rate \
 --do-pc1 \
 --do-spc
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long_stats_slopes で spc をまとめて出力する

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long_stats_slopes \
 --qdec=qdec/long.qdec.table.dat \
 --stats=lh.aparc.stats \
 --meas=thickness \
 --sd=$SUBJECTS_DIR \
 --do-spc \
 --stack-spc=tables/lh.thick.spc.csv
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