脳画像解析のためのコマンドライン習得勉強会

2019年02月10日に開催予定である 『脳画像解析のためのコマンドライン習得勉強会』 の受講者を対象とした情報提供サイトです。新しい情報があれば、随時このサイトへ追加していきますので、定期的にアクセスするようにして下さい。

会場案内

オフィス東京

チュートリアル当日のお願い

会場は、飲食可能です。しかし、コンピュータを使いますので、コーヒーをキーボードの上にこぼすといった悲劇が起こらないよう、ふたのついた飲み物の持ち込みにご協力ください。昼食は、会場内で召し上がっていただいてかまいません。
開場時間は 08:30 です。いろいろ不安な方は早めにお越しいただき、講師やチューターとコミュニケーションをとっておくことをお勧めします。
会場に到着したら、まず受付をお願いします。

勉強会までの予定

2018.12.10: 2ヶ月前までにLin4Neuro/Macの環境を構築できるように資料を準備します。
2019.01.10: 1ヶ月前までに勉強会のテキストやデータを配布します。

勉強会のスケジュール(予定)

時間	内容
事前予習	ファイル処理: pwd, cd, ls, mv, cp, rm, mkdir, rmdir
08:30	開場
09:00-09:05	開会
09:05-10:15	第1部: UNIX系OSのお作法
10:25-12:00	第2部: 画像解析ソフトのコマンド
12:00-13:00	– 昼食 –
13:00-14:50	第3部: テキスト処理
15:00-17:00	第4部: シェルスクリプト
17:00-17:30	閉会・質疑応答

パソコンの持参について

勉強会では、受講者にPCを持参して頂き、実際に操作しながらコマンドラインについて学んでいきます。PCのスペックについては、以下の推奨条件を参考にして下さい
- Windowsユーザー
  - Windows 7以降 64bit版
  - メモリ：8GB以上
  - ハードディスク：100GB以上の空き容量
  - 2ボタン以上のUSBマウス（必須ではありませんが、持っていると便利です）
- Macユーザー
  - macOS 10.11(El Captain)以降
  - メモリ：8GB以上
  - ハードディスク：100GB以上の空き容量
  - 2ボタン以上のUSBマウス（必須ではありませんが、持っていると便利です）

事前準備

想定パターン

今回、以下のパターンを想定しています。

Mac, Winを問わず、VirtualBoxおよびLin4Neuroを準備してチュートリアルに参加する場合

勉強会は、Lin4Neuro上でターミナルを動かしていきます。講師と同じ環境を再現したい場合は、Lin4Neuro上で作業することを推奨します。このメリットは、研究室に戻った際に、Windowsのワークステーションなどでも同様の環境を簡単に構築できることです。

自前のMac解析環境またはLinux解析環境でチュートリアルに参加する場合

FSL, MRIcroGL, gitを自前でセットアップ可能なら、自前のMacまたはLinuxで参加いただけます。その場合、事前サポートは限られることをご了承ください。セットアップに自信がない場合は、VirtualBox + Lin4Neuro で参加することをお勧めします。

(1) Lin4Neuroを使って参加する場合(推奨)

Lin4Neuro仮想マシンのダウンロード以下の文書を参考に、ご自分のパソコンにLin4Neuro環境を作成して下さい。
- Macユーザー：VirtualboxへのLin4Neuroのインストール-Mac編-
- Windowsユーザー：VirtualboxへのLin4Neuroのインストール-Windows編-

(2) 自前のmacOS環境で参加する場合

ご自身でMacを操作する方は、下記を参考に、FSL と MRIcroGLを下記を参考に各自セットアップしてきてください。
- FSL: FSLのmacOSへのインストール方法
- MRIcroGL: MRIcroGL および dcm2niix の macOSでのセットアップ方法
FSL のセットアップ確認

ターミナルから以下のコマンドをタイプしてください。

imglob

以下の表示がなされていれば、FSLは正しくインストールされています。

Usage: imglob [-extension/extensions] -extension for one image with full extension -extensions for image list with full extensions

もし、

imglob: command not found

という表示が出たら、FSL で imglob: command not found と出た時の対処方法に従って、問題を解決してください。

(3) テキストおよびデータのダウンロード

Lin4Neuroで参加する方

ターミナルを起動し、以下のようにタイプしてください。

cd ~/git
git clone https://github.com/kytk/shell-basic.git

以降、アナウンスがあった際には以下のようにして更新します。

cd ~/git/shell-basic
git pull

Macの環境で参加する方

ターミナルを起動し、以下のようにタイプしてください。

cd ~/git

もし、ここで、「そのようなファイルやディレクトリはありません」と言われたら、以下のコマンドで作成します

mkdir ~/git
cd git

そのうえで、以下のコマンドをタイプします。

git clone https://github.com/kytk/shell-basic.git

以降、アナウンスがあった際には以下のようにして更新します。

cd ~/git/shell-basic
git pull

問い合わせ

準備がうまくいかない時のために、問い合わせフォームを準備しています。こちらからご質問ください。数日以内に担当者から返信させていただきます。

問い合わせフォーム

Command line workshop for neuroimaging analysis

This is the web page for “Command line workshop for neuroimaging analysis”. Please prepare your PC with the information below.

Venue

Office Tokyo

Notes

You can bring in beverage and foods and have lunch in the seminar room. Please make sure to bring in the beverage with lids so that you don’t mess up your computer.
The room will open at 08:30 a.m. If you are concerned about your circumstance, please come earlier and resolve your concerns beforehand.
Please register first when you get to the seminar room.

Timetable

Time	Contents
Prep	pwd, cd, ls, mv, cp, rm, mkdir, rmdir
08:30	Registration open
09:00-09:05	Opening
09:05-10:15	Session 1: Things to know about UNIX-like OS
10:25-12:00	Session 2: Basic commands for neuroimaging analysis
12:00-13:00	– Lunch –
13:00-14:50	Session 3: Text processing
15:00-17:00	Session 4: Shell scripts
17:00-17:30	Closing; Q&A

Computer to bring

In this seminar, you will learn about command line with your own computer. Recommendations are as follows;
- Windows
  - Windows 7 64bit Edition or later
  - Memory: more than 8GB (You need at least 8GB)
  - Hard disk: Free space more than 100GB
- Mac
  - macOS 10.11(El Captain) or later
  - Memory: more than 8GB (You need at least 8GB)
  - Hard disk: Free space more than 100GB

Preparation

You have two options for preparation

Lin4Neuro (Mac/Win)

Lin4Neuro Virtual Machine is provided for this seminar. All software is already setup in this virtual machine. If you are newbie or feel uncomfortable setting up the environment, use Lin4Neuro. You can have VM on either Mac or Windows.

Mac with FSL, MRIcroGL

If you are able to install FSL and MRIcroGL by yourself, you can participate with your own Mac.

(1) Lin4Neuro (recommended)

Download Lin4Neuro virtual machine Please read the document below (it’s written in Japanese) and have Lin4Neuro virtual machine on your computer.
- Mac：VirtualboxへのLin4Neuroのインストール-Mac編-
- Windowsユーザー：VirtualboxへのLin4Neuroのインストール-Windows編-

(2) macOS

If you want to participate with your own Mac, please set up FSL and MRIcroGL with the document below (written in Japanese).
- FSL: FSLのmacOSへのインストール方法
- MRIcroGL: MRIcroGL および dcm2niix の macOSでのセットアップ方法
Checking FSL installation

Open terminal and type the following;

imglob

If you see the message below, FSL is installed properly.

Usage: imglob [-extension/extensions] -extension for one image with full extension -extensions for image list with full extensions

If you see