脳画像解析のためのコマンドライン習得勉強会

2019年02月10日に開催予定である 『脳画像解析のためのコマン ドライン習得勉強会』 の受講者を対象とした情報提供サイトです。新しい情報 があれば、随時このサイトへ追加していきますので、定期的にアクセスするようにして下さい。

新着情報

会場案内

チュートリアル当日のお願い

勉強会までの予定

勉強会のスケジュール(予定)

時間 内容
事前予習 ファイル処理: pwd, cd, ls, mv, cp, rm, mkdir, rmdir
08:30 開場
09:00-09:05 開会
09:05-10:15 第1部: UNIX系OSのお作法
10:25-12:00 第2部: 画像解析ソフトのコマンド
12:00-13:00 – 昼食 –
13:00-14:50 第3部: テキスト処理
15:00-17:00 第4部: シェルスクリプト
17:00-17:30 閉会・質疑応答

パソコンの持参について

事前準備

想定パターン

今回、以下のパターンを想定しています。

勉強会は、Lin4Neuro上でターミナルを動かしていきます。 講師と同じ環境を再現したい場合は、Lin4Neuro上で作業することを推奨します。 このメリットは、研究室に戻った際に、Windowsのワークステーションなどでも 同様の環境を簡単に構築できることです。

FSL, MRIcroGL, gitを自前でセットアップ可能なら、自前のMacまたはLinuxで参加いただけます。その場合、事前サポートは限られることをご了承ください。セットアップに自信がない場合は、VirtualBox + Lin4Neuro で参加することをお勧めします。

(1) Lin4Neuroを使って参加する場合(推奨)

(2) 自前のmacOS環境で参加する場合

ターミナルから以下のコマンドをタイプしてください。

imglob

以下の表示がなされていれば、FSLは正しくインストールされています。

Usage: imglob [-extension/extensions] -extension for one image with full extension -extensions for image list with full extensions

もし、

imglob: command not found

という表示が出たら、FSL で imglob: command not found と出た時の対処方法 に従って、問題を解決してください。

(3) テキストおよびデータのダウンロード

Lin4Neuroで参加する方

cd ~/git
git clone https://github.com/kytk/shell-basic.git

以降、アナウンスがあった際には以下のようにして更新します。

cd ~/git/shell-basic
git pull

Macの環境で参加する方

cd ~/git
mkdir ~/git
cd git
git clone https://github.com/kytk/shell-basic.git

以降、アナウンスがあった際には以下のようにして更新します。

cd ~/git/shell-basic
git pull

問い合わせ

準備がうまくいかない時のために、問い合わせフォームを準備しています 。こちらからご質問ください。数日以内に担当者から返信させていただきます。

問い合わせフォーム


Command line workshop for neuroimaging analysis

This is the web page for “Command line workshop for neuroimaging analysis”. Please prepare your PC with the information below.

Venue

Notes

Timetable

Time Contents
Prep pwd, cd, ls, mv, cp, rm, mkdir, rmdir
08:30 Registration open
09:00-09:05 Opening
09:05-10:15 Session 1: Things to know about UNIX-like OS
10:25-12:00 Session 2: Basic commands for neuroimaging analysis
12:00-13:00 – Lunch –
13:00-14:50 Session 3: Text processing
15:00-17:00 Session 4: Shell scripts
17:00-17:30 Closing; Q&A

Computer to bring

Preparation

You have two options for preparation

Lin4Neuro Virtual Machine is provided for this seminar. All software is already setup in this virtual machine. If you are newbie or feel uncomfortable setting up the environment, use Lin4Neuro. You can have VM on either Mac or Windows.

If you are able to install FSL and MRIcroGL by yourself, you can participate with your own Mac.

(2) macOS

Open terminal and type the following;

imglob

If you see the message below, FSL is installed properly.

Usage: imglob [-extension/extensions] -extension for one image with full extension -extensions for image list with full extensions

If you see

imglob: command not found

then, you need to resolve the problem with the following link FSL で imglob: command not found と出た時の対処方法.

(3) Download textbook and data

Lin4Neuro

cd ~/git
git clone https://github.com/kytk/shell-basic.git

If you want to update, type the following;

cd ~/git/shell-basic
git pull

Mac

cd ~/git
mkdir ~/git
cd git
git clone https://github.com/kytk/shell-basic.git

When you update, type the following:

cd ~/git/shell-basic
git pull

Questions

If you have technical difficulties, please use the inquiry form.

Inquiry form


Copyright(C) 2017-8 脳画像解析勉強会 All Rights Reserved.