第11回ABiS脳画像解析チュートリアル

ここは、2022年01月29-30日に開催予定である 『先端バイオイメージング支援プラットフォーム・ABiSチュートリアル』 の受講者を対象とした情報提供サイトです。新しい情報があれば、随時このサイトへ追加していきますので、定期的にアクセスするようにして下さい

新着情報

会場案内

チュートリアルのスケジュール(予定)

日程 内容
01月29日  
08:30 Zoomオープン
09:00-09:05 開会
09:05-09:20 オリエンテーション
09:20-11:40 第1部: 画像解析にまつわる基礎(筑波大学・根本)
09:20-10:20 第1部(1): DICOM, NIFTIの理解
  脳画像をいじるうえで必要なDICOM形式、NIFTI形式について理解し、
画像情報の確認するツールおよび方法を学びます
10:40-11:40 第1部(2): GLM入門
  脳画像統計解析の基本である一般線形モデルについて学びます
11:50-12:50 – 昼休み –
12:50-17:50 第2部: DWI解析の基礎(慶應義塾大学病院・上田)
12:50-13:50 第2部(1): DWIの前処理
  DTIを用いた統計解析であるTract based spatial statistics（TBSS）を
行う上で必要な前段の画像処理を実際に体験します
14:10-15:10 第2部(2): TBSS(Non-FA Analysisも含む)
  DTIを用いた統計解析 TBSS を実際に体験します
15:30-16:30 第2部(3): DWIにおけるGLMの実際 (ケーススタディ)
  群間比較、相関解析、共変数を考慮したTBSS解析のための
デザインマトリクスとデザインコントラストの作成を中心に学びます
16:50-17:50 第2部(4): 拡散テンソルの基礎と3D Slicerを用いたトラクトグラフィーの描出
  拡散テンソルの基礎についての講義と脳画像解析ツールの
3D Slicerを用いたトラクトグラフィー作成を実際に体験します
17:50-18:00 質疑応答
01月30日  
08:30 Zoomオープン
09:00-14:30 第3部: CONNを用いたrs-fMRI解析の基礎 (量子科学技術研究開発機構・八幡)
09:00-10:00 第3部(1): 導入〜前処理（標準化まで)
  安静時機能的MRI（resting-state fMRI; rsfMRI）やそれに基づいて
計測される機能的結合の基本的な概念を押さえた後、
rsfMRIデータの標準的な前処理方法について学びます
10:10-11:10 第3部(2): 機能的結合の導出
  rsfMRIデータから機能的結合を求める方法、その過程でアーチファクトを
もたらす諸要因やその対処方法などを学びます
11:20-12:20 第3部(3): 機能的結合に基づく解析(1) 領域間結合、グラフ解析など
  Voxel-to-voxel, seed-to-seedの機能的結合解析について、
個人〜群統計解析の行い方などを学びます
12:20-13:20 – 昼休み –
13:20-14:30 第3部(4): 機能的結合に基づく解析(2) 独立成分分析など
  独立成分分析（independent component analysis）の基本的概念に
触れた上で、rsfMRIデータを用いた個人〜群統計解析の手法を学びます
14:40-18:00 第4部: SPMを用いたタスクfMRI解析の基礎 (生理学研究所・福永)
14:40-15:40 第4部(1): 課題提示の作り方
  タスク（心理課題）遂行を伴うfMRIデータの実施方法について学びます
15:50-16:50 第4部(2): First-level
  タスク遂行に関連した脳活動の個人レベルにおける評価方法を学びます
17:00-18:00 第4部(3): Second-level
  個人統計を踏まえた集団解析（群レベルにおける統計解析）の方法論を学びます
18:00-18:15 質疑応答

予習

パソコンの準備について

事前準備

A. チュートリアル用Lin4Neuro仮想アプライアンスのダウンロード (所要時間約1-2時間)

B. VirtualBox 6.1.28以降 のインストール (所要時間約10分)

チュートリアルでは、VirtualBox 6.1.28以降の上で Lin4Neuro を動作させます。最新版の Lin4Neuro は、VirtualBox 6.1.28で最適化されているため、前のバージョンのVirtualBoxを使用の方は必ず6.1.28以降にアップグレードしてください。特にmacOSは、以前のバージョンでは仮想マシンが立ち上がらない不具合がありますのでご注意ください。なお、アップグレードする際は、一度、VirtualBoxを終了させないとエラーとなりますのでご注意ください。

C. Lin4Neuro仮想アプライアンスのインポート (所要時間約15分)

D. 仮想マシンの設定 (所要時間約5分)

1. 共有フォルダの設定

2. ビデオメモリの増加

E. Lin4Neuroの起動と設定 (所要時間約10分)

1. 画面のフォント設定

2. 共有フォルダの確認

3. 画像解析ツールの確認

4. クリップボードの共有設定

F. チュートリアルテキストの入手 (所要時間約3分)

  1. 初めてセットアップする時: ターミナル (Lin4Neuro では、左下のスタートアイコンの隣にあるアイコンから起動できます) から以下を実行して下さい

     cd /media/sf_share
 メールで示されているコマンドをここにタイプします
 (セキュリティの都合でここには記しません)

  2. 更新する時: ターミナルから以下を実行してください

     cd /media/sf_share/abis-202201
 git pull

プロキシサーバーなどを使っている場合

この後、ターミナルを一度終了し、再度立ち上げたうえで、次のステップに進んでください

G. データの入手 (所要時間約1時間)

H. 受講のためのスクリプトを実行 (所要時間約3分)

Lin4Neuroの終了

Zoomの設定

問い合わせ

トラブルシューティング

The virtual machine 'L4N-2004-abis' has terminated unexpectedly during startup with exit code 1 (0x1).

終了コード : NS_ERROR_FAILURE (0x80004005)
コンポーネント: MachineWrap
インターフェース: IMachine {85632c68-b5bb-4316-a900-5eb28d3413df}

Kernel driver not installed (rc=-1908)

Make sure the kernel module has been loaded successfully.

where: suplibOsInit what: 3 VERR_VM_DRIVER_NOT_INSTALLED (-1908) - The support driver is not installed. On linux, open returned ENOENT.

参考. 仮想マシンの削除 (チュートリアル後、不要になった場合)

  1. 仮想マシンを削除するには、VirtualBoxのメイン画面で、削除したい仮想マシンを選び、右クリックをして、除去(R)… を選択します

    仮想マシンの削除1

  2. 次にあらわれる画面で、すべてのファイルを削除 を選択します

    仮想マシンの削除2

参考. Lin4Neuro への Google chrome のインストール (所要時間5分)