FreeSurfer勉強会

ここは、2020年1月12日に開催予定である FreeSurfer勉強会 の受講者を対象とした情報提供サイトです。新しい情報があれば、随時このサイトへ追加していきますので、定期的にアクセスするようにして下さい。

会場案内

オフィス東京

チュートリアル当日のお願い

会場は、飲食可能です。しかし、コンピュータを使いますので、コーヒーをキーボードの上にこぼすといった悲劇が起こらないよう、ふたのついた飲み物の持ち込みにご協力ください。昼食は、会場内で召し上がっていただいてかまいません。
開場時間は 08:30 です。いろいろ不安な方は早めにお越しいただき、講師やチューターとコミュニケーションをとっておくことをお勧めします。
会場に到着したら、まず受付をお願いします。

勉強会のスケジュール

09:00 - 09:50 recon-all -autorecon1
10:00 - 11:20 recon-all -autorecon2
11:30 - 12:30 recon-all -autorecon3
12:30 - 13:20 昼休み
13:20 - 14:20 recon-allの実際 / freeview
14:30 - 15:20 ROI解析
15:30 - 16:40 縦断解析
16:40 - 17:00 質疑応答

準備（重要）

以下の手順に従って、準備を進めてください。

FreeSurferを含めたソフトウェアの準備

こちらをご覧いただき、準備してください。
- （必要な人のみ）受講者の方々の中に、自分の使っているネットワークがプロキシサーバーの下にあるという方は、ターミナルから以下のコマンドをタイプしてください。
```
  git config --global http.proxy http://プロキシ名:ポート番号
  git config --global https.proxy http://プロキシ名:ポート番号
```
- プロキシ設定を解除するときは、以下のコマンドをタイプします。
```
  git config --global --unset http.proxy
  git config --global --unset https.proxy
```

Git LFSの準備

今回、ファイルの配布のために、Git LFSというサービスを使います。このために、以下の作業を必ず行ってください。

Lin4Neuro

ターミナルを起動します。
以下をタイプしてください。
```
  sudo apt install git-lfs
```
パスワードは lin4neuro です。
インストール後、再起動してください。

macOS

brewがインストールされていることが必要です。
ターミナルを起動します。
以下をタイプしてください。
```
  brew install git-lfs
```
インストール後、再起動してください。

FreeSurfer用スクリプトの準備

勉強会(およびチュートリアル)で用いるスクリプトを以下に従って準備してください。
Lin4NeuroもしくはmacOSでターミナルを起動します。
cd gitをタイプします。Lin4Neuroは確実にありますが、MacOSの方でエラーになる場合は、mkdir gitとして git ディレクトリを作成し、再度 cd git としてください。
以下をタイプ(もしくはコピー＆ペースト)します。
```
  git clone https://github.com/kytk/fs-scripts.git
```
これで、ホームディレクトリの下の git ディレクトリに、 fs-scripts というディレクトリが作成されます。
次に、このディレクトリをパスに通します。以下をタイプします。(1回だけで大丈夫です)
```
  cd fs-scripts
  ./addpath.sh
```

そうすると次のような表示が出ます。

  Which OS are you using? Select number.
  1) Linux
  2) MacOS
  3) quit

Lin4Neuroの方は 1 を、macOSの方は 2 をタイプしてください。そうすると、以下が表示されます。

  PATH for fs-scripts was added to ~/.bashrc (Macの場合は~/.bash_profile)
  Please close the terminal, re-open and run checkpath.sh.

ターミナルを一度閉じてください。そして、新たにターミナルを起動し、以下をタイプしてください。
```
  checkpath.sh
```
これで、以下が表示されれば無事にパスに追加されました。
```
  Success! fs-scripts is added to path.
```
アップデートの案内があった場合には、以下をタイプしてください。
```
  cd ~/git/fs-scripts
  git pull
```

テキストおよび一部データの入手

ターミナルを起動します。
勉強会のデータをダウンロードしていい場所に移動します。
- Lin4Neuroの方は、/media/sf_shareがおすすめです。
- macOSの方はどこでも大丈夫ですが、~/git がおすすめです。
```
  #Lin4Neuro
  cd /media/sf_share
	
  #macOS
  cd ~/git
```

この上で、以下をタイプします。

  git clone https://github.com/kytk/nisg-202001.git
  cd nisg-202001
  git lfs install
  git lfs pull

git clone だけだと、大容量ファイルはcloneされません。
git lfs install を行い、Git LFSを有効化します。
git lfs pull で、大容量ファイルがダウンロードされます。
その後のアップデートの際は、git pull; git lfs pull で大丈夫です。

縦断データのダウンロード

ターミナルを起動し、勉強会のディレクトリに移動します。
- Lin4Neuro
```
  cd /media/sf_share/nisg-202001
```
- macOS
```
  cd ~/git/nisg-202001
```
内容を最新にします。
```
  git pull
  git lfs pull
```
さらに下の subjects ディレクトリに移動します。
```
  cd subjects
```
ここにある getdata.sh を実行します。ファイルの前に、./ をつけることを忘れないでください。
```
  ./getdata.sh
```
こうすると、OAS2.zip というファイルがダウンロードされ、その後自動で展開されます。

ernie データの確認

ernie データが正しくダウンロードされているかを確認します。
subjects ディレクトリで以下を実行します。これもファイルの前に、 ./ をつけることを忘れないでください。
```
  ./preptest_ernie.sh
```
こうすると、Freeviewが起動します。以下のように表示されれば正しくデータが入手できています。

freeview_ernie

縦断データの確認

縦断データが正しくダウンロードされているかを確認します。
先程と同様に、subjects ディレクトリで以下を実行します。これもファイルの前に、 ./ をつけることを忘れないでください。
```
  ./preptest_oas.sh
```
こうすると、Freeviewが起動します。先程と同じような表示がなされれば正しくデータが入手できています。

テキストの確認

textbook の中にテキストのPDFが入っています。これが見られるかを確認してください。

チートシート

問い合わせ

準備がうまくいかない時のために、問い合わせフォームを準備しています。こちらからご質問ください。数日以内に担当者から返信させていただきます。

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